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L'influence d'un traitement antibiotique sur l'évolution du microbiote est significative. Les antibiotiques tuent non seulement les bactéries ciblées, mais également de nombreuses autres bactéries bénéfiques présentes dans le microbiote. Cela peut entraîner des perturbations importantes dans l'équilibre du microbiote, appelées dysbiose, et favoriser la croissance de bactéries pathogènes ou la prolifération de bactéries résistantes aux antibiotiques.
Ces perturbations peuvent avoir des conséquences néfastes sur la santé, notamment en augmentant le risque d'infections nosocomiales, de maladies inflammatoires de l'intestin, de désordres métaboliques, et d'autres troubles liés au système immunitaire. De plus, des études ont montré que les effets néfastes des antibiotiques sur le microbiote peuvent être durables, persistant même après l'arrêt du traitement.
Il est donc essentiel d'utiliser les antibiotiques de manière responsable et de prendre des mesures pour protéger et restaurer la santé du microbiote après un traitement antibiotique, notamment en consommant des aliments fermentés riches en probiotiques, en prenant des suppléments probiotiques, et en favorisant une alimentation équilibrée et riche en fibres.